Nõukogu töö tugineb kahele alalisele komisjonile, mis keskenduvad teadus- ja arendus ning innovatsioonipoliitikale. Nimetatud komisjone juhivad vastavalt haridus- ja teadusminister ning majandus- ja kommunikatsiooniminister, kes esitavad Teadus- ja Arendus­nõukogule vähemalt üks kord aastas aruande poliitika­komisjonide töö tulemuslikkuse kohta ning järgmise perioodi tegevuskava. Alalise komisjoni sujuva töö ning ülesannete igapäevase täitmise eest vastutab ministeeriumi poliitikanõunik. Vajadusel luuakse spetsiifiliste ülesannete lahendamiseks täiendavaid komisjone.

Teadus- ja Arendusnõukogu esimeheks on peaminister, nõukogu ülesanded ja formeerimise põhimõtted määratletakse Teadus- ja arendustegevuse korralduse seadusega järgmiselt:

Teadus- ja Arendusnõukogu

• nõustab Vabariigi Valitsust teadus- ja arendustegevuse strateegia küsimustes;
• esitab Vabariigi Valitsusele oma seisukoha ministeeriumide esitatud riiklike teadus- ja arendustegevuse programmide kohta;
• esitab Vabariigi Valitsusele igal aastal Eesti teadus-ja arendustegevuse aruande ning eelseisva perioodi teadus- ja arenduspoliitilised eesmärgid;
• nõustab Vabariigi Valitsust riigieelarve eelnõu kujundamisel teadus- ja arendustegevuseks ettenähtud summade osas erinevate ministeeriumide ning teadus- ja arendustegevuse finantseerimise liikide kaupa;
• nõustab Vabariigi Valitsust riigi teadus- ja arendusasutuste asutamisel, ümberkorraldamisel ja tegevuse lõpetamisel;
• nõustab Vabariigi Valitsust teadus- ja arendusasutuste evalveerimise tingimuste ja korra kehtestamisel;
• täidab muid talle seadusega pandud või Vabariigi Valitsuse poolt antud ülesandeid.