Riigikantselei juhina on tema ülesanne toetada Vabariigi Valitsust ja peaministrit poliitika kujundamisel ja elluviimisel ning arendada riigi juhtimis- ja otsustuskeskkonda.

Ta aitab planeerida ja koordineerida valitsuse tööd ning võtab sõnaõigusega osa valitsuse istungitest.

Aastatel 1998-2003 oli Heiki Loot Sisekaitseakadeemia rektor. Rektorina seadis ta akadeemia strateegiliseks eesmärgiks ausate ja pädevate riigiametnike koolitamise ning avaliku teenistuse arendustegevuse.

Aastatel 1995-1998 töötas Heiki Loot Justiitsministeeriumi avaliku õiguse osakonna juhatajana. Ta oli haldusõiguse ja karistusõiguse reformi käivitajaks, juhtis põhiseaduse juriidilise ekspertiisi komisjoni materjalide ettevalmistamist ning osales paljude seaduseelnõude koostamisel.

Aastatel 1994-1995 töötas Heiki Loot Riigikohtu esimehe abina.

Loot oli aastatel 1997-1999 Euroopa Nõukogu juures tegutseva riigiõiguse ekspertide komisjoni liige. Ta on Eesti Akadeemilise Õigusteaduse Seltsi liige aastast 1993.

28. aprillil 1971. aastal Tallinnas sündinud Loot on lõpetanud Tallinna 21. Keskkooli ning Tartu Ülikooli õigusteaduse eriala.